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纳子峡水电站位于大通河流域上游，是大通河流域水利水电梯级规划中的第4座水电站，上接海浪沟水电站，下游为石头峡水电站，工程总库容为7.33亿立方米，最大坝高121.5米，属二等大（2）型工程。

电站装机总容量87兆瓦（3×29兆瓦），水头范围100.47～113.50米，额定水头103米，保证出力16.6兆瓦，年平均发电量3.106亿 千瓦·时。

工程开发方式为混合式，由枢纽区、引水发电系统及地面式发电厂区等组成。